Dal 954 Seborga ("Castrum Sepulcri") compare ufficialmente nella storia dell'atto di donazione che Guido, Conte di Ventimiglia, ne fece ai Monaci benedettini del Monastero di Lerins (Francia). Dal 1666 al 1687 i Monaci, il cui Abate Priore aveva il titolo di Principe ecclesiale, stabilirono nel paese una residenza, con annessa zecca nella quale fecero coniare monete d'argento a valore legale.

Nel 1729 i Benedettini vendettero il feudo di Seborga ai duca di Savoia, ed esso ne seguì le sorti dapprima entrando a far parte del regno di Sardegna, poi di quello di Italia e infine, nel 1946, della Repubblica italiana. Nel 1993 la popolazione del paese elesse democraticamente un suo "Principe" per perpetuarne l'antica, storica nobiltà, così che Seborga è l'unico paese in Italia che, accanto al Sindaco, ha anche un "Principe".